1.资金难：货币补贴的资金需求量比建经济适用房更大，而且很难直接回收资金；

　　2.定标难：标准制定比实物配售更为复杂，补贴既要考虑到不同区域的房价，又要考虑各地区居民收入情况，还要考虑市、区政府财政承受能力。

　　3.买房难：低收入住房困难家庭自身积累少，进入房地产市场能力较弱，有可能找不到合适的房源；

　　4.监管难：货币补贴监控比实物配售更难。低收入人群拿到经适房货币补贴后，如何确保他们把钱花在买房上；

　　5.调价难：在房地产市场过热时，经适房货币补贴可能会推高房价，起不到调控房价的作用。